.. highlight:: none ``st2abics`` ------------------------------- abICS :ref:`入力ファイル` の :ref:`[config]セクション` を比較的簡単に作成するために、 ``st2abics`` ツールを使うことができます。これはpymatgenで読める原子構造ファイルを読み取り、 ``[config]`` セクションを埋めたabICS入力テンプレートファイルに変換します。元の構造ファイルからどのようにして ``config.base_structure`` と ``config.defect_structure`` を構成するか指定するため、 ``st2abics`` 専用の制御ファイルが必要です。 ``st2abics`` は以下のように使用します:: $ st2abics -h usage: st2abics [-h] inputfi structurefi [outfi] Prepare abICS config from structure file positional arguments: inputfi toml input file for st2abics structurefi Structure file that can be read by pymatgen Structure.from_file() method outfi Output file to be used as abics input. Defaults to standard output optional arguments: -h, --help show this help message and exit 例がいくつか ``examples/st2abics`` に用意されています:: $ cd examples/st2abics $ st2abics st2abics_MgAl2O4.toml MgAl2O4.vasp abics_MgAl2O4.toml # spinel $ st2abics st2abics_CuZn.toml CuZn.vasp abics_CuZn.toml # brass $ st2abics st2abics_BZY.toml BaZrO3.vasp abics_BZY.toml # Y-doped BaZrO3 結果として得られたファイル(上記の例では ``abics_MgAl2O4.toml``, ``abics_CuZn.toml``, ``abics_BZY.toml``)は、 ``[sampling]``, ``[mlref]``, ``[train]``, ``[observer]`` セクションのキーワードが空になっており、 これらを記入した後、abICSの入力として使用することができます。 入力フォーマット ^^^^^^^^^^^^^^^^^ ``st2abics`` の入力ファイルの例は、 ``examples/st2abics`` にあります(上の例では ``st2abics_CuZn.toml`` , ``st2abics_MgAl2O4.toml``, ``st2abics_BZY.toml``)。 フォーマットはabICS入力ファイルの ``[config]`` セクションに似ています。 キーワード ^^^^^^^^^^ - ``supercell`` **形式 :** list型 **説明 :** スーパーセルの大きさをリスト形式 [ :math:`\bf{a}, \bf{b}, \bf{c}` ] で指定します. - ``[[config.base_structure]]`` セクション ここでは、モンテカルロ計算中に格子サイト間で原子を交換しないbase_structureを指定します。 - ``species`` **形式 :** 文字列のlist **説明 :** base_structureの原子種。対応する座標は入力構造ファイルから自動的に抽出されます。 - ``fix`` **形式 :** bool型 ("true" or "false") **説明 :** base_structureの局所的な緩和を行わない場合true、行う場合はfalseに設定する。 - ``[[config.defect_structure]]`` セクション このセクションは、配置サンプリングを行う副格子を指定します。 複数の ``[[config.defect_structure]]`` セクションが存在しても構いません。 例えば、陽イオンの配置サンプリングを行う副格子と、陰イオンの配置サンプリングを行う副格子を指定することが できます。 - ``site_center_species`` **形式 :** 文字列のlist **説明 :** 元の構造ファイルに含まれる原子種のうち、配置サンプリングを行う格子サイトと対応するもの。 - ``[[config.defect_structure.groups]]`` サブセクション このセクションでは、配置サンプリングを行う格子サイト上に配置される原子グループを指定します。もしこのセクション がない場合は、 ``site_center_species`` を基に、入力された構造ファイルから自動的に構築されます。 - ``name`` **形式 :** 文字列 **説明 :** 原子グループの名前。 - ``species`` **形式 :** 文字列のlist **説明 :** 原子グループに属する原子種のリスト。 デフォルト値は、[``name``]です。 元の構造ファイルに含まれない原子種も指定できます。 さらに、空のリスト ``[]`` で格子欠陥を表現できます。 例として、サンプルにある ``st2abics_BZY.toml`` を参照してください。 - ``coords`` **形式 :** listのlistのlist あるいは文字列 **説明 :** 原子グループがとることのできる配向ごとの原子グループ内の各原子の座標（入力ファイルのcoords定義 :ref:`参照 ` ）。 デフォルト値は[[[0.0, 0.0, 0.0]]です。 - ``num`` **形式 :** int **説明 :** このセクションで指定した原子グループの数。スーパーセル内のサイト数に応じた数を指定してください。