.. highlight:: none

[config] セクション
-------------------------------

合金の配位などを指定します.
以下のようなファイルフォーマットをしています.

  ::

    [config]
    unitcell = [[8.1135997772, 0.0000000000, 0.0000000000],
                [0.0000000000, 8.1135997772, 0.0000000000],
                [0.0000000000, 0.0000000000, 8.1135997772]]
    supercell = [1,1,1]

    [[config.base_structure]]
    type = "O"
    coords = [
        [0.237399980, 0.237399980, 0.237399980],
        [0.762599945, 0.762599945, 0.762599945],
        ## 中略
        [0.262599975, 0.262599975, 0.762599945],
        ]

    [[config.defect_structure]]
    coords = [
        [0.000000000, 0.000000000, 0.000000000],
        [0.749999940, 0.249999985, 0.499999970],
        ## 中略
        [0.124999993, 0.624999940, 0.124999993],
        ]
    [[config.defect_structure.groups]]
    name = 'Al'
    # species = ['Al']    # default
    # coords = [[[0,0,0]]]  # default
    num = 16
    [[config.defect_structure.groups]]
    name = 'Mg'
    # species = ['Mg']    # default
    # coords = [[[0,0,0]]]  # default
    num = 8

入力形式
^^^^^^^^^^^^
``keyword = values`` の形式でキーワードとその値を指定します.
また, #をつけることでコメントを入力することができます(それ以降の文字は無視されます).

キーワード
^^^^^^^^^^

- 格子の指定

    -  ``unitcell``

    **形式 :** list型

    **説明 :**
    格子ベクトル :math:`\bf{a}, \bf{b}, \bf{c}` を,
    リスト形式で [ :math:`\bf{a}, \bf{b}, \bf{c}` ] として指定します.

    -  ``supercell``

    **形式 :** list型

    **説明 :**
    超格子の大きさをリスト形式で [ :math:`\bf{a}, \bf{b}, \bf{c}` ] 指定します.

- [[config.base_structure]] セクション

    ``type`` と ``coords`` によりモンテカルロ計算で動かさない原子種とその座標を指定します. 
    原子種が複数ある場合には, 複数の [[config.base_strucure]] セクションを指定します.

    - ``type``

    **形式 :** str型

    **説明 :**  原子種を指定します.

    - ``coords``

    **形式 :** listのlist もしくは 文字列

    **説明 :**  座標を指定します.
    3次元座標を表す3要素のリストをN 個（原子の数）だけ並べたリストか, 座標を N 行 3列に並べた文字列で指定します.


- [[config.defect_structure]] セクション

    モンテカルロで更新する原子が入る座標 (coords)と入りうる原子（団） (group) を指定します.
    Ver. 1.0ではPOSCAR や cif からの変換ツールが利用出来るようになる予定です.


    - ``coords``

    **形式 :** listのlist もしくは 文字列

    **説明 :**  原子が入る座標を指定します.
    3次元座標を表す3要素のリストをN 個（原子の数）だけ並べたリストか, 座標を N 行 3列に並べた文字列で指定します.

    - [[config.defect_structure.groups]] セクション

        モンテカルロで更新する原子グループの情報を指定します.

        -  ``name``

            **形式 :** str型

            **説明 :**
            原子グループの名前を指定します.


        -  ``species``

            **形式 :** list型

            **説明 :**
            原子グループに属する原子種を指定します. デフォルト値は ``name`` で指定したものがひとつだけ含まれたリストです.

        -  ``coords``

            **形式 :** listのlist もしくは 文字列

            **説明 :**  原子グループ中の各原子の座標を指定します.
            3次元座標を表す3要素のリストをN 個（原子の数）だけ並べたリストか, 座標を N 行 3列に並べた文字列で指定します.
            デフォルト値は `[[0.0, 0.0, 0.0]]` です。

        -  ``num``

            **形式 :** int型

            **説明 :**
            この原子グループの数を指定します.