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odatse_neighborlist

離散空間をモンテカルロ探索する場合に使用する近傍リスト定義ファイルを メッシュ定義ファイルから生成するツールです。

pip でインストールした場合は odatse と同様に bin 以下に odatse_neighborlist という名前でインストールされます。 もしくは、ディレクトリ中の src/odatse_neighborlist.py を直接実行することも可能です。

使い方

引数としてメッシュ定義ファイルを渡します。 生成される近傍リスト定義ファイルの名前は -o オプションで指定可能です。

$ odatse_neighborlist -o neighborlist.txt MeshData.txt

次のオプションが利用できます。

• -o output or --output output

  • 出力ファイル名 (default: neighborlist.txt)

• -u "unit1 unit2..." or --unit "unit1 unit2"

  • 各次元の長さスケール (default: すべて 1.0)

    • 空間次元の数だけ値を空白区切りで並べ、全体を引用符でくくってください

    • 例: -u "2.0 1.0 3.0" (3次元空間で、x軸方向は2.0、y軸方向は1.0、z軸方向は3.0のスケールを適用)

  • 各座標はあらかじめこれらの長さスケールで除算されます

• -r radius or --radius radius

  • 近傍とみなされるユークリッド距離 (default: 1.0)

  • 距離は -u で除されたあとの座標に対して計算されます

• -q or --quiet

  • 進捗バーを表示しません

  • なお、進捗バーの表示には tqdm python パッケージが必要です

• --allow-selfloop

  • 自分自身を隣接リストに含めます (自己ループ)

• --check-allpairs

  • すべての点対に対して距離を計算します

  • デバッグ用のオプションです

MPIを用いた並列計算

MPI を用いて計算を高速化できます。例えば、mpirun コマンドを使用する場合は以下のように実行します：

$ mpirun -np 4 odatse_neighborlist -o neighborlist.txt MeshData.txt

-np 4 の部分は使用するプロセス数を指定します。使用するコア数に応じて調整してください。

環境によっては mpiexec や他のコマンド、またはジョブスケジューラ経由でMPIを実行する場合もあります。 その場合は、その環境に合わせてコマンドを変更してください。